旅行者やビジネス渡航者にとって最も実害が大きいのが、那覇空港や下地島・新石垣空港を発着する空の便の乱れです。沖縄飛行機欠航リスクの発生メカニズムは、単に台風が空港真上を通過するかどうかだけでなく、滑走路に対する「横風成分」と「地上作業の安全性」に左右されます。
日本航空（JAL）や全日本空輸（ANA）などの主要キャリアでは、熱帯低気圧が一定の勢力で接近すると予測された段階で、対象空港を発着する便に対して「手数料なしの変更・払い戻し（特別対応）」を予告適用します。この発令は通常、接近の24〜48時間前に行われます。これに対し、実際に「欠航」が正式決定されるのは、気象庁の暴風警報発令見通しや空港の地上ハンドリング限界（風速25m/s前後でのボーディングブリッジ使用停止等）を総合判断するため、前日夕方から当日の早朝になるケースが主流です。
一方で、本島周辺や離島を結ぶフェリー運休・運行状況は、航空機よりも格段にシビアな時間軸で動きます。外洋性の高波は風に先立って押し寄せるため、まだ現地が青空であっても、海上の波浪・警報発令に伴って出港見合わせが決まります。
