共愛学園に関するネット上の言説には、一部の誤解や先入観が根強く残っています。特に多く見られるのが「キリスト教徒でなければ肩身が狭いのではないか」「理系進学には不利なのではないか」という懸念です。
まず宗教教育についてですが、毎朝の礼拝（チャペル）や聖書の授業、クリスマス礼拝などの宗教行事は確かに存在します。しかし、これは特定の信者になることを強要するものではなく、西洋の歴史・文化・道徳的価値観を学ぶ教養（リベラルアーツ）の一環として位置づけられています。生徒の大半は非信者であり、静寂の中で自分自身と向き合う礼拝の時間を「1日の始まりとして心が落ち着く」と肯定的に捉える在校生が多数派を占めています。
もう一つの盲点は、コースと将来の文理選択のミスマッチです。「英語科に入学したものの、高校2年で医学部や理工学部を目指したくなった」という場合、英語科のカリキュラムは文系科目や語学に特化しているため、数III・数Cや理科2科目の履修が極めて困難になります。理系への進路変更を視野に入れている受験生は、最初から柔軟に文理選択が可能な普通科特進コースを選択するのが鉄則です。
