倉敷南高校の進路指導を語る上で欠かせない指標が、地元最高峰である岡山大学への合格者数です。高校が公表する公式進路データによると、岡山大学の合格者数は毎年およそ35名〜50名前後のレンジで安定して推移しており、県内公立校の中でも屈指のシェアを誇ります。
さらに視野を広げると、香川大学、広島大学、愛媛大学、徳島大学といった中四国エリアの国立大学、さらには岡山県立大学や兵庫県立大学などの公立大学を含めると、学年全体の約半数近くが国公立大学へと羽ばたいています。私立大学に関しても、関関同立（関西学院・関西・同志社・立命館）や近畿大学、ノートルダム清心女子大学など、手堅い合格実績を積み上げています。
この実績を支えているのは、早期からの文理選択と入試傾向に即した習熟度別補習です。進路指導担当教員による面談回数も多く、推薦入試（学校推薦型選抜や総合型選抜）に向けた志望理由書の添削や模擬面接も手厚く行われています。地方公立進学校の強みである「現役で国公立大学に送り出す」という使命感が生徒・教員双方に共有されている点が、ブレない進学実績の源泉です。
