埼京線を利用する上で避けて通れないのが、巨大ターミナル駅における独特の構造です。特に新宿駅のホーム位置は、利用前に必ず頭に入れておきたいポイントです。
新宿駅における埼京線・湘南新宿ライン・りんかい線直通・相鉄線直通の列車は、1番線〜4番線ホームに発着します。このホームは山手線や中央線などのホームと比べて南側（甲州街道・代々木駅寄り）かつ深い位置に配置されています。
【新宿駅での主な乗り換え時間目安】
・山手線・中央線快速への乗り換え：徒歩約5〜7分
・東京メトロ丸ノ内線・都営新宿線への乗り換え：徒歩約8〜10分
・小田急線・京王線への乗り換え：徒歩約6〜8分
南改札、新南改札、ミライナタワー改札を利用する場合は至近距離で便利ですが、東口や西口、北側エリアへ向かう場合はホーム上をかなり歩くことになります。乗り継ぎのスケジュールには最低でも7〜10分程度の余裕を見込んでおくのが確実です。
また、池袋駅や渋谷駅においても、埼京線ホームと他社線（東急線、東京メトロ副都心線など）との連絡には高低差があるため、駅構内の案内看板に沿った移動が推奨されます。
