教誨師の基本的な職務は、矯正施設（刑務所・少年院・拘置所）に収容されている人々の希望に応じて、宗教的な教えを通じて心の安定を与え、自らの犯した罪と向き合わせて社会復帰への道筋を整えることです。 活動の根拠は、明治時代から続く行刑の伝統と、日本国憲法第20条（信教の自由・政教分離原則）に深く結びついています。国や公務員が特定の宗教教育を強制することは憲法上禁じられているため、民間篤志の宗教家が法務大臣から個別に委嘱を受け、施設内へ赴いて活動する「法務省 教誨事業」という形式が採られています。 現場で行われる教誨活動は、大きく以下の2形態に分かれます。
1. 一般教誨（集団教誨）
複数の受刑者を講堂や礼拝堂に集め、講話や法要、ミサ、礼拝などを執り行います。正月やお盆、クリスマスといった季節行事に合わせて実施されることも多く、道徳心や他者への感謝、生き方を説く情操教育としての側面を持ちます。
2. 特別教誨（個人教誨）
受刑者や死刑確定者からの個別の申し出に基づいて行われる1対1の面接です。個室の面会室で向き合い、家族への悔恨、被害者への贖罪の念、将来への絶望や死への恐怖といった極めて個人的で深刻な苦悩を傾聴します。教誨師は相手の告白を一切否定せず、ただ静かに受け止める姿勢が求められます。
