家庭菜園の入門として語られがちなペットボトル栽培ですが、Web上の栽培フォーラムや知恵袋、SNSの投稿を分析すると、ミニトマト水耕栽培の失敗の理由は主に3つのポイントに集中しています。
第一の理由は「根の完全水没による窒息」です。植物の根は水分を吸い上げるだけでなく、呼吸をして酸素を取り込んでいます。容器いっぱいに培養液を満たしてしまうと、根全体が溺れた状態になり、やがて根腐れを起こして株全体が萎れてしまいます。
第二の理由は「肥料の選定ミス」です。土壌栽培で定番の「ハイポネックス原液（青い液体）」などを水耕栽培でそのまま使うと、土壌微生物による分解が行われないため微量要素（カルシウム等）が決定的に不足し、新芽の奇形や尻腐れ病を誘発します。
第三の理由は「光量不足と受粉の不備」です。トマトは日照要求量が非常に高い野菜であり、室内の一般的な蛍光灯や薄暗い窓際では光合成が追いつきません。徒長（茎がヒョロヒョロと伸びること）して花が咲かなかったり、花が咲いても風や虫がない室内では受粉できずに落花してしまいます。
