広大なネットワークを誇るさんふらわあ航路一覧は、大きく分けて「首都圏と北海道を結ぶ北航路」と「関西と九州各地を結ぶ西航路（3航路）」の計4航路で構成されています。それぞれの航路は運航距離、所要時間、就航船のコンセプトが明確に異なっており、旅の目的や起点に応じた見極めが欠かせません。
北の基幹航路であるさんふらわあ 大洗 苫小牧は、茨城県・大洗港と北海道・苫小牧西港を約18時間〜19時間で結びます。夕方便（「さんふらわあ さっぽろ」「さんふらわあ ふらの」）と深夜便（新造LNG船「さんふらわあ かむい」「さんふらわあ ぴりか」）の2往復体制を維持しており、関東一円から北海道へのマイカードライブや物流輸送において圧倒的な輸送力を誇ります。
一方、西日本エリアでは関西と九州をつなぐ3つの動脈が稼働しています。日本初のLNG燃料フェリーが就航したさんふらわあ 大阪 別府航路（大阪南港〜別府国際観光港）、ビジネスや観光の利便性が際立つさんふらわあ 神戸 大分航路（神戸六甲アイランド〜大分港）、そして南九州への直行アクセスを実現するさんふらわあ 志布志 航路（大阪南港〜鹿児島・志布志港）です。これら西航路はいずれも夕方に出港して翌朝目的地に到着する夜行便であり、宿泊と長距離移動を同時にこなす高い合理性を備えています。
