宮本恒靖氏には、2003年頃に誕生した長男（恒凜・こうりんさん）と、2006年頃に誕生した長女の二人の子供がいます。2026年現在、長男はすでに20代前半を迎え、長女も成人前後の年齢へと成長しています。
サッカーファンの間で特に注目を集めてきたのが長男の進路です。偉大な元日本代表キャプテンを父に持った長男は、幼少期から自然な流れでボールを蹴り始め、育成年代のクラブチームや学生サッカーでプレーを続けてきました。ポジションやプレースタイルについて過度な報道が過熱しないよう配慮されつつも、父の背中を追ってひたむきに競技へ向き合ってきた姿が伝えられています。
宮本氏は過去の教育論やインタビューにおいて、「親の敷いたレールを歩ませるのではなく、自分で判断し、自分で責任を取る力を育てたい」という趣旨の発言を残しています。海外クラブ（レッドブル・ザルツブルク）在籍時には子供たちも幼少期をヨーロッパで過ごしており、語学力や国際感覚を自然と身につける教育環境が整えられていました。長女に関しても学業を中心に充実した学生生活を送っており、兄妹ともに自立した大人へと歩みを進めています。
