コミュニティやQ&Aサイト（Yahoo!知恵袋やSNS等）では、ミュウツーの仕様に関して初心者が陥りがちな誤解が散見されます。無駄なリソース消費を防ぐために、以下の3つの事実を正確に把握しておく必要があります。
1. 「10周年確定100%個体」の捕獲における誤解
2026年8月の10周年セレブレーションにおいて、「確定100%個体と知らずマスターボールを温存し、ハイパーボールで投げて逃げられるのではないかとパニックになった」という投稿が話題を呼びました。しかし、スペシャルリサーチやタイムチャレンジの報酬ポケモンは絶対に逃走しない仕様（捕獲率は一定だがボールが尽きない限り何度でも挑戦可能）となっています。貴重なマスターボールをここで投じる必要はありませんでした。
2. 「個体値100%を目指してシャドウをリトレーンする」過ち
例えば「13/13/13」のシャドウミュウツーをリトレーンすれば、見かけ上のステータスは完璧な「15/15/15（100%）」になります。しかし、戦闘力計算上は「0/0/0のシャドウ」の方が「15/15/15の通常個体」よりもレイドでの与ダメージが高いという数値上の事実があります。メガシンカ母体として100%が欲しい場合を除き、シャドウをリトレーンすることは実質的な弱体化を意味します。
3. シャドウポケモンはメガシンカできない
メガミュウツーの実装を見越してシャドウ個体を育成するケースが見られますが、ゲームの基本システム上、シャドウ状態のポケモンはメガシンカ不可能です。メガシンカ用には通常個体（10周年の確定100%個体やレイド産高個体）を別途用意する必要があります。
