事件最大のミステリーとして語り継がれているのが、首謀者本人の獄中死の真相です。2019年8月10日朝、公判を控えて勾留されていたニューヨーク・マンハッタンのメトロポリタン矯正センター（MCC）の独房で、エプスタインは首を吊った状態で発見され、搬送先の病院で死亡が確認されました。享年66歳でした。
直前まで自殺を警戒した特別監視下（スーサイド・ウォッチ）に置かれていたこと、当日の朝に限って同房者が別室に移送され一人きりだったこと、担当の看守2名が居眠りをして偽の巡回記録をつけていたこと、さらには独房前を映す監視カメラの映像データが不具合で破損していたことなど、不可解な状況が重なりました。その結果、SNS上では「権力者たちによる口封じのために暗殺された」という言説が「#EpsteinDidntKillHimself」というハッシュタグとともに爆発的に拡散しました。
しかし、2026年に米司法省監察総監室（OIG）が発表した120ページを超える包括的調査報告書は、陰謀論とは異なる、より救いようのない米行刑システムの現実を突きつけています。
報告書によると、メトロポリタン矯正センターは慢性的な人員不足、過酷な超過勤務による看守のモラル崩壊、老朽化した設備の放置という「構造的機能不全」に陥っていました。当日勤務していた看守はオンラインショッピングや居眠りに興じて巡回を完全に怠っており、悪意ある暗殺ではなく、公的機関の著しい職務怠慢と管理体制の破綻が自死を許す隙を生んだと結論づけられています。ニューヨーク市の検視当局も、遺体の解剖所見から死因を「首吊りによる自殺」と正式に断定しています。
人々が暗殺説に飛びついた心理的背景には、「世界を操る大富豪の死が、地方刑務所のずさんな管理というあまりに凡庸な怠慢によって引き起こされた」という不都合な真実を受け入れがたく、巨悪にふさわしい劇的な黒幕の存在を信じたかったという心理的バイアスが指摘されています。
