智弁学園高等学校の難易度は、コース設計と入試形態によって明確に分かれています。高校から入学する生徒（高入生）と中高一貫コースの生徒が切磋琢磨する環境において、主要模試における偏差値の目安は普通科で64〜68のレンジに位置しています。
難関国公立大学や医学部現役合格をターゲットとする選抜クラスでは、奈良県内の公立トップ校（畝傍高校や郡山高校など）の併願先として選ばれるケースが多く、高い学力が求められます。一方、基礎から応用まで着実に学力を伸ばす標準クラスでも偏差値60以上の学力が求められ、奈良県南部の私立進学校として確固たる難度を維持しています。
合否の鍵を握る合格ボーダーラインは、入試当日の得点率で65%〜75%前後が基準点となります。内申点と当日点の総合評価となるため、公立併願者はもちろん、専願で受験する場合も主要5教科の基礎固めを徹底しておく必要があります。
