ネット上のコミュニティや相談窓口で散見される「医療費控除 ふるさと納税 併用によって損をする」という言説は、税制計算の一側面のみを切り取った誤解に起因しています。結論から言えば、両制度を併用して納税者全体の金銭的収支がマイナスになることは原理的にあり得ません。
誤解が生じる背景には、医療費控除 住民税 控除限度額 影響の計算ロジックが存在します。医療費控除を適用すると総所得金額等が圧縮されるため、住民税所得割額を基礎として算出されるふるさと納税の自己負担2,000円で済む「上限枠（控除限度額）」が数千円程度押し下げられます。この現象のみを捉えて「ふるさと納税の枠が減って損をした」と錯覚するケースが多いのです。
しかし、圧縮された限度額以上の減税恩恵を医療費控除そのものから受けているため、世帯全体の手元に残る資金は併用したほうが確実に増加します。「医療費控除 ふるさと納税 どっちがお得か」と二者択一で悩む必要はなく、双方が適用可能な状況であれば両方を漏れなく申告するのが合理的な選択です。
