「イナイレ無印どこまで見るべきか」「アニメは何期まであるのか」という問いに対し、編集部では「第3期・全127話までが完全なひとつの区切りである」と明言します。無印の物語は、明確に3つのフェーズに分かれており、それぞれが独立した魅力と連続した成長劇を描き出しています。
1. フットボールフロンティア編（アニメ第1話〜第26話／第1期）
部員わずか7名の弱小サッカー部だった雷門中が、キャプテン円堂守の不屈の情熱によって仲間を集め、天才ストライカー・豪炎寺修也の加入を経て全国大会「フットボールフロンティア」で優勝を果たすまでの王道スポーツストーリーです。物語の陰の黒幕である帝国学園総帥・影山零治の策略や、伝説のイナズマイレブンにまつわる過去の因縁など、サスペンスフルな仕掛けが全編に張り巡らされています。
2. 脅威の侵略者編（アニメ第27話〜第67話／第2期）
全国制覇の直後、宇宙人を自称する「エイリア学園」によって雷門中学校校舎が粉微塵に破壊されるという衝撃の幕開けから始まります。日本全国をキャラバンで巡りながら新たな仲間をスカウトし、超次元サッカーのスケールが飛躍的にスケールアップする過酷なサバイバル編です。吹雪士郎の二重人格の苦悩や、仲間たちの離脱・葛藤など、ドラマとしてのシリアス度が最も高まる時期でもあります。
3. 世界への挑戦編（アニメ第68話〜第127話／第3期）
かつてのライバルや仲間たちが集結し、日本代表「イナズマジャパン」を結成。世界大会「フットボールフロンティア・インターナショナル（FFI）」に挑む集大成です。監督を務める久遠道也の秘密、かつて雷門中を率いた響木正剛監督の病との闘い、そして極悪人として君臨し続けた影山零治の過去と贖罪など、大人世代の人間ドラマにも踏み込んだ重厚な結末が描かれます。
