花粉が目に入ると、結膜（白目とまぶたの裏側を覆う粘膜）に存在する免疫細胞が過剰に反応します。これが「季節性アレルギー性結膜炎」と呼ばれる病態です。結膜に花粉（アレルゲン）が付着すると、IgE抗体を介して肥満細胞（マスト細胞）が刺激され、ヒスタミンやロイコトリエンといった化学伝達物質が一気に放出されます。このヒスタミンが知覚神経を刺激することで、強烈な目のかゆみが発生する構造です。
ここで最も注意すべきなのは、「痒いからといって擦ってしまう行動」です。目を強く擦ると、物理的な圧力によって結膜内の肥満細胞がさらに押し潰されて破裂し、内部に蓄えられていたヒスタミンが周囲へ再飛散します。結果として、擦れば擦るほどかゆみが増幅する「痒みの悪循環（イッチ・スクラッチ・サイクル）」に陥ります。
さらに、角膜（黒目）の表面はわずか数十マイクロメートルの繊細な上皮で覆われています。花粉の硬い殻粒子が存在する状態で擦り合わせると、やすりをかけるように角膜へ微細な傷がつき、角膜びらんや細菌感染を引き起こす危険性があります。目の痒みを感じた際は、「擦る」以外の物理的・薬理的手段で鎮静化させることが医学上の大原則です。
