改革が順風満帆に進んだわけではない。既存のシステムを根底から覆そうとする彼のやり方は、行政組織との激しい摩擦を引き起こした。文部科学省が定めた画一的な学習指導要領に対し、独自のカリキュラム導入を強行しようとした際、現場には激震が走った。
地元教育委員会からの度重なる是正勧告や、監査のプレッシャーに対しても、彼は一切引くことはなかった。「子どもたちの未来を奪っているのは、前例踏襲という名の保身だ」。会議室のテーブルを叩き、行政の担当者を一蹴したというエピソードは、今なお語り草となっている。指導体制を刷新する過程で反発した旧来の教員層との確執も凄まじく、職員室は文字通り戦場と化していた。