滞在中の快適性を支える各種設備も充実しています。ロビーに設置された相鉄グランドフレッサ東京ベイ有明のアメニティコーナー「フリーアメニティバー」では、各種スキンケア用品、入浴剤、ティーバッグなどを必要な分だけ自由にピックアップ可能。女性の一人旅や急な宿泊でも手ぶら感覚で利用できる配慮がなされています。
全館禁煙化が進む中、愛煙家向けには館内に専用の喫煙所が設けられており、分煙環境がしっかりと保たれています。また、車での来館者に向けては相鉄グランドフレッサ東京ベイ有明の駐車場（地下自走式・機械式）が用意されており、収容台数も約100台規模を確保。首都高速湾岸線の有明出入口からも近く、マイカーを利用した旅行の拠点としても機能的です。
