本事件を日本犯罪史上、最も異様たらしめている最大の要因が、関根が考案し実行した「遺体を透明にする」と称する徹底的な死体損壊・証拠隠滅の手口です。関根は日頃から周囲に対し、「死体があるから事件になる。死体を透明にしてしまえば、事件そのものが存在しなくなる」とうそぶいていました。
殺害の凶器として用いられたのは、劇毒物である硝酸ストリキニーネでした。関根は大型犬を速やかに安楽死させる名目で獣医師らから入手したカプセル入りの毒薬を、カプセルを外して微量取り出し、ビタミンドリンクに溶かして被害者に勧めました。ストリキニーネは中枢神経を激しく興奮させ、全身の筋肉に激痛を伴う強直性痙攣を引き起こして呼吸麻痺に至らしめる劇薬です。被害者たちは苦悶のなかで息絶え、関根はその様子を冷酷に観察していたとされます。
殺害後、関根らは遺体を山崎氏の自宅プレハブ小屋や山中の作業場へと運び込みました。そこで行われた解体作業は、まさに正気を疑うものでした。関根と風間は、包丁やナタを用いて遺体を手際よく解体し、皮膚・肉・内臓と骨に分別。軟部組織はサイコロ状の小片に細かく切り刻まれ、ドラム缶の中で灯油と薪を使って完全に灰になるまで徹底的に焼却されました。
残された骨は、ドラム缶の中で炭化するまで焼き尽くされた後、鉄パイプやハンマーで丹念に叩き割られ、微細な骨粉へと粉砕されました。それらの灰や骨粉は、群馬県境の片品川や周辺の山林へと広範囲に散布され、所持品や貴金属もガスバーナーで融解されるなどして処分されました。警察が現場検証を行った際、すでに人骨と断定できる形状の痕跡はほぼ皆無であり、わずかに川底の泥から採取された極小の骨片や焼損した遺留品が、法医学鑑定によってかろうじて被害者のものと特定されたに過ぎませんでした。
