共働き世帯にとって死活問題となるのが、保育園の登園基準と出席停止期間の判断です。インフルエンザや流行性耳下腺炎（おたふくかぜ）のように、学校保健安全法で「発症後〇日かつ解熱後〇日」と明確な隔離期間が義務付けられている第2種感染症とは異なり、ヘルパンギーナと手足口病は「学校において予防すべき感染症（第3種・その他の感染症）」に位置付けられています。
こども家庭庁の『保育所における感染症対策ガイドライン』および日本小児科学会の指針に基づく登園基準は、原則として以下の条件を満たした時点とされています。
- 発熱が完全に治まり、解熱後24時間以上が経過していること
- 口内の水疱や痛みが改善し、普段通りの水分および食事が無理なく摂取できること
- 全身状態が良好で、集団生活に支障をきたす機嫌の悪さがないこと
手足口病の発疹が残っていても、熱が下がり本人が活気を取り戻していれば登園自体は医学的に許可されます。なぜなら、エンテロウイルスは症状が消失した後も、呼吸器（唾液・鼻水）から1〜2週間、便からは2〜4週間にわたって長期的に排出され続ける特性があるためです。発疹が完全に消えるまで登園を制限することは現実的に不可能であり、公衆衛生的な隔離の意義も薄いと判断されています。ただし、各自治体や認可園・企業主導型保育園の独自規定により「医師の登園許可証（意見書）」の提出を求める場合があるため、診断時に園の規定を確認することが不可欠です。
