エヴァ3号機が辿った悲劇の発端は、NERV（ネルフ）北米支部で起きた未曾有の事故にあります。米国マサチューセッツ州のNERV第1支部において、次世代推進機関である「S2機関」の搭載実験中だったエヴァンゲリオン4号機が、周辺施設ごと半径89キロメートルを一瞬で巻き込んで消滅（ディラックの海へ転落）しました。
この壊滅的な事故に恐れをなした米国政府およびNERV第2支部は、自国領内に保管されていた同型機であるエヴァ3号機を「厄介払い」するかのように日本本部へ無償譲渡することを決定します。これがエヴァ3号機が日本へ移送された直接の経緯です。
日本到着後、NERV本部は第3新東京市の地下ジオフロントを避け、長野県松代町にある「NERV第2実験場」にて起動実験を実施しました。危険性の高い実験を本部中枢から隔離して行う軍事的なリスクヘッジが理由でしたが、この判断が仇となります。
移送中の積乱雲の中で、3号機は微小な細菌状・粘菌状の形態を持つ第13使徒バルディエル（新劇場版では第9の使徒）の侵食を受けていました。松代での通電起動実験と同時に使徒が覚醒し、機体の制御システムおよびエントリープラグを完全に物理的・生物学的に乗っ取り。松代実験場を大爆発とともに壊滅させ、3号機は「使徒そのもの」へと変貌して第3新東京市へ向けて進軍を開始したのです。
戦闘時、エヴァ3号機は本来の人型兵器の可動域を完全に逸脱した挙動を見せました。特にファンに戦慄を与えたのが「腕が異常に伸びる理由」です。これは機体内部の生体組織が使徒の細胞侵食によって変異・液状化し、筋肉組織が自在に伸縮・増殖したことによる生体反応です。初号機の首を軽々と締め上げる異形の姿は、エヴァが単なる機械ではなく「拘束具を着せられた人造人間」であることを残酷に証明する描写となりました。
