すみえファミリー水族館の代名詞とも言える最大の目玉が、展示水槽で堂々たる風格を漂わせる「アカメ（赤目）」です。アカメは西日本の限られた汽水域に生息する日本固有種であり、暗闇で光を反射した際にルビーのように赤く妖しく輝く眼を持つことからその名が付けられました。釣り人の間では「伝説の怪魚」として畏敬の念を集める存在です。
同館で飼育されている個体は、体長1メートル前後に達する大型魚であり、悠然と水中を漂う姿は息を呑むほどの迫力を放ちます。大型水族館のような遠く離れた水槽ではなく、手の届きそうな至近距離でその強靭な鱗、精悍な顔つき、眼球の構造を微細に観察できる点は、愛好家にとって聖地巡礼にも似た価値をもたらしています。
もう一つの大きな柱が、五ヶ瀬川水系の淡水魚コレクションです。九州屈指の清流として知られる五ヶ瀬川水系の上流域に生息するヤマメやアマゴの清涼な姿、中下流域に生息するオイカワやカワムツ、さらには国の天然記念物や準絶滅危惧種に指定される貴重な淡水魚類まで、綿密なリサーチに基づいて展示されています。派手さこそありませんが、川魚特有の繊細な体色や縄張り行動の様子は、何十分眺めていても飽きることがありません。
さらに、館内にはナマコやヒトデなどに直に触れることができるタッチプール（ふれあいコーナー）も常設されており、子供たちが五感を使って海と川の生命に触れ合える工夫が凝らされています。
