亀岡市余部町を居住地として検討する上で、避けて通れない客観的リスクが「水害」です。亀岡盆地は多数の河川が合流して桂川（保津川）となり、狭小な保津峡へと流れ込むすり鉢状の地形特性を持ちます。そのため、古くから大雨時の湛水被害に悩まされてきた歴史があります。
亀岡市が公表している浸水ハザードマップ（2026年最新版）を参照すると、桂川に近接する北東側や支川沿いの低地部において、想定最大規模降雨（1000年に1回程度の大雨）時に0.5メートルから最大3.0メートル未満の浸水想定区域に指定されている区画が存在します。一方で、台地状にわずかに標高が高くなっている旧集落周辺や南西寄りの丘陵寄り区画では、浸水リスクが「浸水想定区域外」または「0.5メートル未満」に留まるなど、同一町内でもマイクロ地形による明確な高低差が見られます。
ただし、近年は治水インフラの大幅な増強が進んでいます。2013年台風18号による浸水被害以降、京都府と国土交通省は桂川下流部の河道掘削を進めるとともに、亀岡盆地内への遊水地整備および排水ポンプ場の増強を段階的に完了させました。これにより、中小規模の内水氾濫に対する許容力は過去と比較して格段に向上しています。土地購入や賃貸契約を結ぶ際は、物件単位でのピンポイント標高と浸水履歴の照合が必須要件です。
