一般的な豆腐の賞味期限が冷蔵で3〜5日程度であるのに対し、充填豆腐は冷蔵保存で約3週間〜2ヶ月、特殊なアルミ多層フィルムを使った商品であれば常温で半年以上も品質が保持されます。これほど日持ち期間が長いと保存料や合成添加物の存在を疑われがちですが、実際には保存料は一切使用されていません。
長期保存を可能にしている決定打は、徹底した無菌充填とパックごとの加熱殺菌システムです。充填豆腐の製法では、まず一度冷却した生の豆乳に、にがり（粗製海水塩化マグネシウム）やグルコノデルタラクトンといった凝固剤を均一に混ぜ合わせます。低温の状態では凝固反応が進まないため、液体のままプラスチック容器へ密閉充填できるのがポイントです。
容器を完全にシーリングして外気を遮断した後、パックごと約85℃〜90℃のお湯や蒸気でじっくり加熱します。この熱によって豆乳のタンパク質が固まって豆腐になると同時に、内部の微生物や菌が完全に死滅（加熱殺菌）します。空気に触れず無菌状態が維持されるため、余計な添加物を加えることなく長期間の保存が成立しています。
