通院や入院の付き添いにおいて、アクセス経路の把握は体力的・精神的な負担を減らすための重要要素です。大阪南医療センターは南河内郡市を見下ろす高台に位置しており、徒歩でのアクセスには急な登り坂が伴います。
公共交通機関を利用する場合、主要なターミナルとなるのが南海高野線および近鉄長野線の接続駅である河内長野駅です。国立病院機構大阪南医療センターへのアクセスバスは、南海バスが運行を担当しています。大阪南医療センターへ向かう河内長野駅前バスターミナルからは、センター敷地内まで直接乗り入れる定期路線バスが頻繁に運行されており、所要時間は概ね10分〜15分程度です。また、南海高野線「千代田駅」からも直通・経由バスが運行されており、電車の利用区間やダイヤに応じて乗換駅を選択できます。
自家用車で来院する場合、敷地内に大規模な外来用駐車場が完備されています。大阪南医療センターの駐車場料金は、受診患者に対して割引制度が適用される仕組みです。外来診療の会計時に駐車券を提示して院内承認（認証スタンプや専用端末処理）を通すことで、長時間受診であっても低額（1回あたり100円〜数百円程度）に減免されます。認証を忘れて出庫しようとすると、一般利用としての通常時間料金（数千円規模に膨らむリスク）が請求されるため、会計完了時に駐車券の割引登録を必ず済ませておく必要があります。
