忍術学園は1年生から6年生まで（※劇中設定上、2年生や3年生も存在）の各学年がい組・ろ組・は組に分かれて修行に励んでいます。学年ごとに異なる成長段階や技術レベル、そして強烈な個性が作品の大きな推進力となっています。
一年は組（主人公トリオと仲間たち）
物語の主軸となる「一年は組」は、実技や成績こそ優秀とは言えないものの、抜群の団結力と行動力を誇るクラスです。
猪名寺乱太郎（CV：高山みなみ）は、先祖代々ヒラ忍者の家系に生まれ、一流忍者を目指す足の速さが武器の素直な少年。摂津のきり丸（CV：田中真弓）は、戦で天涯孤独となり、たくましくアルバイトに励むドケチ少年。福富しんべヱ（CV：一龍斎貞友）は、堺の豪商の息子でおっとりマイペースながら、強靭な頭突きと鼻水で局面を打開するムードメーカーです。
他にも、学級委員長の黒木庄左ヱ門（CV：東さおり）、武道家の家柄である山村喜三太（CV：大和田ひとみ／旧：鈴木富子）、馬術が得意な皆本金吾（CV：渡辺久美子）など、11名の個性あふれる忍たまが日々奮闘しています。
四年生・五年生（成長著しい中堅学年）
中堅学年である四年生と五年生は、専門技術に特化したスペシャリストが揃っており、後輩の指導と上級生の補佐という絶妙な立ち位置でファンから絶大な人気を集めています。
【四年生（13歳設定）】
自称・学園のアイドルの平滝夜叉丸（CV：代永翼）は戦輪の名手。天才肌で穴掘り小僧の綾部喜八郎（CV：石田彰）、火器の扱いに長けた田村三木ヱ門（CV：安達忍）、元・武士志望で熱血漢の浜守一郎（CV：梶裕貴）、編入生で実家が髪結い処の斉藤タカ丸（CV：浪川大輔）など、我が道を往く職人気質の集団です。
【五年生（14歳設定）】
実力と冷静さを兼ね備えた学年。豆腐への情熱が凄まじい火薬の達人・久々知兵助（CV：小田久史）、変装の名手で素顔が謎に包まれている鉢屋三郎（CV：山崎たくみ）、その鉢屋とペアを組む真面目で優柔不断な不破雷蔵（CV：金丸淳一）、生物への愛が深い竹谷八左ヱ門（CV：東龍一）、学年唯一のい組で学級委員長を務める尾浜勘右衛門（CV：渋谷茂）の5名が鉄壁の連帯感を誇ります。
六年生（忍術学園の最上級生・最強世代）
15歳にしてプロ忍者の一歩手前、実戦レベルの戦闘力と統率力を持つのが六年生です。学園の各委員会で委員長を務めています。
潮江文次郎（CV：成田剣）は会計委員会委員長。「ギンギン」が口癖の鍛錬中毒者で、そろばんを使った武術や強靭な精神力を誇ります。作法委員会委員長の立花仙蔵（CV：保志総一朗）は学園一のクールビューティーであり、火薬のスペシャリスト。体育委員会委員長の七松小平太（CV：神奈延年）は「いけいけどんどん」の掛け声とともに規格外の体力を発揮します。
図書委員会委員長の中在家長次（CV：渋谷茂）は無口で強面ながら心優しい武闘派。用具委員会委員長の食満留三郎（CV：鈴木千尋）は熱血漢で潮江文次郎とは犬猿の仲。そして保健委員会委員長の善法寺伊作（CV：置鮎龍太郎）は、不運に見舞われながらも分け隔てなく傷の手当てを行う温厚な人格者です。
