市杵島姫命を理解する上で避けて通れないのが、インド由来の弁財天、そして神道秘教で注目される瀬織津姫(セオリツヒメ)との複雑な関係性です。これら三柱の尊格は混同されがちですが、その出自と歴史的役割には明確な一線が画されています。
歴史的な分水嶺となったのが、慶応4年(1868年)に明治政府が発令した神仏分離令です。これにより、全国の弁財天を祀っていた霊場は、純粋な神社へと改変を迫られました。その代表例が神奈川県の江島神社です。江島神社 弁天様 由来を調べると、かつては「金亀山与願寺」として弁財天を本尊としていましたが、分離令を機に宗像三女神(奥津宮・中津宮・辺津宮)を祀る神社へと正式に再編されました。
現在でも「江の島の弁天様」として親しまれているように、信仰の内実としては市杵島姫命 弁財天 違いを厳密に区別せず、双方の神徳を併せ呑んだ独自の包摂的信仰として定着しています。
また、一部の民俗学者や古神道研究者の間で議論される市杵島姫命 瀬織津姫 同一人物説は、両者が共に「激流の水神」「白龍との親和性」「人の不浄を洗い清めて新たな命を吹き込む役割」を持つ点に端を発しています。正史の表舞台に立った市杵島姫命と、祝詞の奥底に隠された瀬織津姫は、古代日本人が水に対して抱いた畏怖と敬愛の「表裏一体の象徴」と解釈するのが極めて自然です。