埼葛広域農道のもうひとつの大きな盲点が、台風や集中豪雨時における「冠水リスク」です。本路線が通過する吉川市、松伏町、杉戸町一帯は中川流域の低地帯であり、道路のすぐ脇を用水路や排水路が並行して流れています。
短時間のゲリラ豪雨や線状降水帯の発生時には、周辺の農地や水路から水が溢れ出し、アンダーパスや低くなっている路面が一気に冠水して通行止めになる事例が過去に幾度も発生しています。道路と側溝の水位が一体化すると脱輪や水没事故に直結するため、豪雨警報発令時や大雨直後の走行は極力避け、国道4号バイパスなどの高規格道路を選択するのが賢明です。
また、農作業の時期には路面に泥や砂利が落ちていることが多く、雨天時にはタイヤがスリップしやすい摩擦係数の低い状態になる点にも注意が必要です。