大谷寺が他の寺院と一線を画す最大の理由は、単なる仏教聖地にとどまらず、日本列島の人類史を塗り替えた考古学的遺跡でもある点です。
昭和40年（1965年）、大谷寺の本堂下および岩陰の本格的な発掘調査が行われた際、岩盤の堆積層から約1万1000年前（縄文時代草創期〜早期）のほぼ完全な人骨が発掘されました。成人男性と推定されるこの人骨は、屈葬の状態で頭部を西に向けて埋葬されており、周囲からは隆起線文土器や爪形文土器、骨角器などが多数出土しました。
この発見は、古代日本において大谷石の岩陰が過酷な風雨を凌ぐ「生活の場」であり、同時に死者を弔う「葬送の場」であったことを証明しています。敷地内の「大谷寺宝物館」では、この縄文人骨（レプリカおよび保存骨）の実物大展示や、洞窟遺跡から発掘された貴重な土器片・石器群を間近で観察することができます。
仏教伝来の遥か数千年も前から、この巨大な岩窟は人々にとって「異界との境界」であり、神聖な空間でした。平安時代に磨崖仏が彫られた背景には、この洞窟自体に宿る圧倒的な地霊（ゲニウス・ロキ）への恐れと崇敬の念が横たわっていたことが分かります。
