自治医科大学の最大の特徴といえば、6年間の学費約2200万円が実質免除となる仕組みだ。その核をなすのが「修学資金貸与制度」である。入学者全員に学費や寮費が貸与され、卒業後に指定された公立病院や過疎地の診療所などで一定期間（原則9年間）勤務することで、返還が全額免除される。
この制度は、厚生労働省と文部科学省の監督のもと、全国の都道府県が拠出する資金によって厳格に運用されている。単なる経済的支援にとどまらず、公的資金による人材育成という強い使命が組み込まれているのだ。9年間の義務勤務というハードルはあるものの、若手医師が実戦的な地域医療の現場で圧倒的な症例数を経験できる点は、他大学にはない強みだ。
