館内唯一の飲食店舗であるレストラン「ル・シェフ」では、恐竜をモチーフにしたユニークなメニューや、地元茨城の食材を活かした食事が提供されています。特に人気を集めているのが、ライスを恐竜の足跡や火山に見立てた「恐竜発掘カレー」や、ボリューム満点のかつ丼、ラーメン、うどんなどの定番和洋食メニューです。
しかし、土日祝日の11:30から13:30頃にかけては注文・席待ちの長い列が発生し、30分以上の待機を余儀なくされることも珍しくありません。小さな子ども連れの場合、この待機時間がぐずりの引き金になるリスクがあります。
そこでおすすめしたいのが、「お弁当持参」という選択肢です。ミュージアムパーク茨城県自然博物館は持ち込み飲食に対して非常に寛容な設計となっており、晴天時には菅生沼を一望できる広大な芝生広場や野外ベンチでピクニック気分を味わえます。また、雨天時でも館内の指定休憩エリア（セミナーホール前や無料休憩スペースなど）で持参した軽食を摂ることが可能です。
