検索結果の一覧画面で圧倒的な安さが提示されていても、最終決済画面に進むと「思っていた金額と違う」と感じるユーザーは少なくありません。このギャップこそが、ネット上で「手数料が高い」と囁かれる最大の要因です。
スカイシー格安航空券モールでは、航空会社が設定する航空券代金（運賃＋空港施設使用料）に加え、1区間・1人ごとにサイト独自の「取扱手数料」や「決済事務手数料」が加算されます。便や航空会社によって手数料設定は異なり、数千円程度上乗せされるケースが一般的です。
そのため、早期割引（JALの先得やANAのスーパーバリューなど）を数ヶ月前から狙える場合は、航空会社の公式サイトで直接購入した方が手数料分だけ安くなるケースもあります。一方で、出発直前で各社の残席が少なくなり価格が高騰している局面や、複数の航空会社を乗り継ぐ片道ずつの組み合わせを探す場合には、最安ルートを一瞬で見つけ出せる大きなメリットを発揮します。
