物語のプロローグとなる2010年7月28日、秋葉原ラジオ会館の8階で牧瀬紅莉栖は血まみれで倒れている姿を岡部に発見されました。この衝撃的な事件の背景には、父・中鉢博士との根深い確執が存在します。
幼少期から卓越した頭脳を持っていた紅莉栖は、父親が長年研究していたタイムマシン理論の矛盾を鮮やかに証明してしまいます。研究者としてのプライドを粉々に砕かれた中鉢博士は娘に対して激しい劣等感と憎悪を抱くようになり、二人の関係は完全に破綻していました。
ラジオ会館で再会した際、紅莉栖は関係修復を願い、完成させたタイムマシン論文を父に手渡します。しかし、名声を独占しようとする中鉢博士は激昂し、彼女に暴力を振るいました。そこへ紅莉栖を救おうと未来から跳躍してきた岡部が介入するものの、揉み合いの末に岡部自身の手でナイフが紅莉栖に刺さってしまうという、あまりにも残酷な真相が隠されていたのです。
