これほど魅力的な特性を備えながら、なぜネット上では「アガベシロップは危険」「避けるべき食品」といった強い拒絶反応が渦巻いているのでしょうか。その疑惑の核心にあるのは、皮肉にも低GIを実現させている主因である高濃度の「果糖（フルクトース）」です。
一般的な白砂糖（ショ糖）は「ブドウ糖（グルコース）」と「果糖」がほぼ半々の比率で結合しています。一方、アガベシロップの糖組成を見ると、実に70〜85％前後が果糖で占められています。果糖は摂取してもすい臓からのインスリン分泌をほとんど刺激しないため、食後の急激な血糖値スパイクを引き起こしません。これが「低GI甘味料」と呼ばれる科学的な根拠です。
しかし、生化学の視点から見ると、血糖値を上げないことは「無害」と同義ではありません。ブドウ糖が全身の筋肉や脳など全身の細胞でエネルギーとして速やかに消費されるのに対し、果糖はほぼ100％が肝臓だけで集中的に代謝されるという決定的な特徴を持っています。
米国の生化学者や各国の公衆衛生機関が長年警鐘を鳴らしているように、処理能力を超える過剰な果糖が一度に肝臓へ流れ込むと、肝臓内でダイレクトに中性脂肪へと再合成されます。その結果、肥満だけでなく非アルコール性脂肪肝（NAFLD）、尿酸値の上昇（痛風リスク）、インスリン抵抗性の悪化を招く引き金になり得ます。
一部の過激な健康言説では「清涼飲料水に使われる果糖ぶどう糖液糖（コーンシロップ）と同等の毒性だ」と極端に批判されます。確かに化学的な糖組成だけを切り取れば、果糖比率の高さは共通しています。とはいえ、日常の適量を守る限り即座に健康を害する毒物ではありません。「血糖値を上げない魔法の健康食品だから、いくら摂っても太らない」という過度な思い込みによる過剰摂取こそが、真の健康被害を生むリスク要因となっています。
