道の駅あぷたを訪れる上で最大の障害となるのが、物産直売所とレストラン食堂における営業時間の時間差です。直売エリアは9:00〜18:00（冬季は17:00までの短縮営業あり）までオープンしていますが、食事処の営業時間は基本的に11:00〜14:00までのわずか3時間に限られています。週末や観光シーズンには、11時の開店と同時に長蛇の列ができ、11時30分の段階でうに丼をはじめとする人気海鮮丼が完売御礼となる事態も日常茶飯事です。
また、遠方からのドライブで最も悔やまれるトラブルが定休日の確認不足です。年末年始（12月31日〜1月3日頃）の休館はもちろんのこと、設備点検に伴う臨時休館が年に数回発生します。混雑状況を巧みに回避するためには、平日の10時30分頃には現地駐車場へ滑り込み、館内の物産を見学しながらレストランの開店を待つスケジュール設定が最も確実な攻略法となります。
