部活動における実績面では、陸上競技やバレーボール部などが阿蘇郡市の大会で上位入賞を重ね、県大会への出場実績を残してきました。厳しい震災を経験した生徒たちが、限られた練習時間の中で集中して成果を出す姿は、地域住民に大きな勇気を与え続けています。
そして現在、同校は全国の教育界が注目する歴史的な変革期を迎えています。南阿蘇中学校の公式発表資料および南阿蘇村教育委員会の最新方針によると、一昨年度より段階的に進めてきた「部活動の地域移行」が完成段階に入り、令和8年（2026年）9月1日をもって、休日（土・日・祝日）の活動が従来の「部活動」から村民営の「地域クラブ」へと正式に移行します。
この改革により、教員の長時間労働が是正されると同時に、週末は専門的なスキルを持つ地域の指導者や外部コーチが生徒たちを指導する体制が整います。過疎地域の学校が直面する「部活動の存続危機」に対し、自治体と学校が先手を打って解決策を提示した形です。
