日本国内におけるオコジョの生息地は、地理的および歴史的経緯によって極めて限定的です。日本列島にオコジョが渡ってきたのは数万年前の氷河期であり、その後の温暖化に伴って寒冷な環境を求めた結果、現在の隔離された生息分布が形成されました。
本州に分布するホンドオコジョ（学名：Mustela erminea nippon）は、主に東北地方から中部地方にかけての山岳地帯に生息しています。具体的には、北アルプス（飛騨山脈）、中央アルプス（木曽山脈）、南アルプス（赤石山脈）からなる日本アルプスをはじめ、八ヶ岳連峰、志賀高原、谷川連峰、日光山系、飯豊山地、朝日連峰などが主要な生息域です。本州における生息域の核心は、標高1,500m〜3,000mの高山帯・亜高山帯であり、平地や丘陵地で見かけることはまずありません。
一方、北海道全域に生息するのがエゾオコジョ（学名：Mustela erminea orientalis）です。大雪山系や日高山脈などの高山地帯だけでなく、道北・道東の森林地帯や平野部の草地、海岸付近の原生花園まで幅広い標高に適応しています。本州のホンドオコジョに比べて体格が一回り大きく、豊かな北方生態系を縦横無尽に駆け回っています。
