秀頼の父親を巡っては、側近である大野治長との密通説、あるいは石田三成や尾張の剛の者の血筋とする俗説が根強く存在します。しかし、現代の歴史学および生体遺伝の観点から検証すると、別人説を持ち出すまでもなく、母・淀殿（茶々）の血統だけで秀頼の偉躯は完全に説明がつきます。
淀殿の生家である北近江の戦国大名・浅井氏は、代々大柄な一族として知られていました。淀殿の実父・浅井長政は「六尺（約180cm）豊かな偉男子」と伝えられ、その武勇と秀麗な容姿は織田信長を魅了したほどでした。さらに、淀殿の母・お市の方の兄である織田信長自身も約170cmあり、当時の水準から見れば明らかな高身長です。
お市の方自身も長身で凛とした美貌の持ち主として知られ、その長女である淀殿もまた、当時の女性としては突出して背が高く、白皙（はくせき）の美女であったと諸史料に記されています。人類遺伝学において、身長は父親からのみ受け継がれるものではありません。長身家系である浅井・織田の「飛び抜けた高身長遺伝子」が、淀殿を通じて秀頼へと隔世遺伝・濃縮遺伝したと解釈するのが極めて合理的です。
歴史研究者・服部英雄氏らの近年の実証研究でも、秀吉の手紙に表れる異常なまでの愛情表現や、当時の側近たちが秀頼の誕生を疑いなく受け入れていた事実が明らかにされています。秀吉は何人もの側室を抱えながら子に恵まれませんでしたが、淀殿との間には秀頼の前に夭折した鶴松（棄丸）も生まれています。「淀殿と秀吉の生物学的な相性」が奇跡的に結実したのが秀頼であり、巨躯は大野治長のタネではなく、浅井長政のDNAの力強い発露だったのです。
