部員募集停止の裏には、深刻な指導者・監督の後任問題が存在していました。PL学園の教員および部活動の指導者は、母体であるパーフェクト リバティー（PL）教団の信徒であることが原則とされていたためです。
2013年春に当時の監督が退任した後、外部から実績のある指導者を招聘することが教団規約上難しく、監督不在の異常事態が長期化。一時期は野球経験のない当時の校長がユニフォームを着てベンチ入りし、サインを出さずに選手主体で戦う姿がメディアでも大きく報じられました。
指導者不在のまま安全かつ健全な部運営を継続することは不可能と判断され、最終的に学校側は2017年3月、大阪府高校野球連盟へ脱退届を提出。名門の歴史は完全にストップすることとなりました。
