宿泊客から絶賛されるもう一つの柱が、敷地内に湧き出る天然温泉「しずくの湯」です。休暇村南阿蘇の温泉の評判を調べると、露天風呂からのパノラマビューと柔らかな肌触りの泉質に称賛が集まっています。
泉質はナトリウム・炭酸水素塩・硫酸塩泉で、不要な角質を落として肌をなめらかに整える「美肌の湯」として親しまれています。湯船に浸かりながら阿蘇の山並みを眺める時間は、日常の喧騒を忘れさせてくれる贅沢な体験です。
なお、休暇村南阿蘇の日帰り温泉も営業しており、登山帰りやドライブ途中の立ち寄り入浴スポットとしても重宝されています。ただし、混雑防止のため利用時間帯（主に昼12時〜15時前後）が限られているため、事前に受付時間を確認しておくことが欠かせません。
