接種を迷う保護者が最も懸念するのは、過去に報道された激しい全身の痛みや歩行障害といった副反応の不安でしょう。この問題については、国内外で大規模な追跡調査と科学的検証が重ねられてきました。
代表的な事例として知られる名古屋市の大規模調査（通称：名古屋スタディ）では、約3万人を対象にワクチン接種者と非接種者を比較検証しました。その結果、報道されたような多様な症状とワクチン接種との間に因果関係は認められないという結論が得られています。
厚生労働省の専門部会でも長年にわたり症例が精査され、接種時の強い痛みや不安による血管迷走神経反射、思春期特有の心身の反応などが複合的に影響している可能性が報告されました。これら膨大な科学的エビデンスと世界保健機関（WHO）の安全性声明を踏まえ、厚生労働省は2021年11月に積極的勧奨の再開を正式決定し、現在も安全性に特段の懸念はないとの見解を一貫して示しています。
