刑事政策・法学の領域では、恩赦手続きのブラックボックス性を問題視する声が根強い。中央更生保護審査会の合議内容や審査基準の詳細が完全に公開されていないため、どのような力学で選定が行われたのかが外部からは見えにくいという批判だ。適正手続きの保障という観点から、審査過程の透明化を求める学説は年々勢いを増している。
被害者参加制度の定着に伴い、加害者の恩赦審査において被害者側の意見聴取をどこまで義務付けるべきかという点も大きな争点となっている。国家が独占する刑罰権を縮小させる手続きである以上、事件によって人生を一変させられた被害者の視点を排除した恩赦は正当性を持ち得ないという意見が、司法・法曹界の共通認識になりつつある。
