トウキョーDXが他のオフィシャルショップと一線を画す最大の魅力が、日本橋の歴史的背景を反映した「日本橋限定グッズ」の存在です。江戸情緒を感じさせる「火消し姿のピカチュウ」「歌舞伎風の羽織をまとったピカチュウ」「紳士風のシルクハットピカチュウ」など、この店舗でしか手に入らないアイコニックなぬいぐるみやマスコットは、常に高い需要を誇ります。
取材班が追跡したポケモングッズの日本橋限定・再販情報によると、限定マスコット類は一度完売すると、次回の入荷までおよそ1ヶ月から3ヶ月のブランクが生じる傾向が見られます。店頭に並んだ瞬間にまとめ買いされる事態を防ぐため、現在は「お一人様1種類につき1点〜2点まで」といった厳格な個数制限が常態化しています。
また、熱心なプレイヤーやコレクターが注視するポケモンカードの入荷情報に関しても、日本橋店では徹底した転売対策が講じられています。新弾拡張パックの発売日当日は事前抽選当選者のみの販売となることが多く、一般再販時もレジカウンター奥での対面販売、パックのシュリンク（外装フィルム）開封確認、お一人様1BOX（または指定パック数）までの制限が徹底されています。ふらりと立ち寄って手軽にボックス購入できる状況ではないため、公式発表やポケモンセンターの告知を毎日チェックする粘り強さが求められます。
