山本耕史と堀北真希さんの間には、2人の子供が誕生しています。2016年12月に第1子、2019年4月に第2子が誕生しており、2026年現在は長男が小学校高学年、第2子も小学校低学年へと健やかに成長しています。
家族の生活拠点として選ばれたのは、都心の利便性と地方の豊かな自然を組み合わせた「二拠点生活(デュアルライフ)」です。報道各社の取材や周辺住民の証言によると、北関東エリア(那須・栃木方面)に構えた拠点で、子供たちに土や水と触れ合う自然体験を積極的にさせている様子が伝えられています。
目撃情報においても、地元の大型スーパーで家族仲良く買い出しをする姿や、公園で子供と全力で遊ぶ山本の姿が度々報じられています。芸能人特有の派手な夜遊びとは無縁で、仕事が終われば真っ直ぐ家庭に戻るイクメンぶりが、地域住民からも温かく見守られています。