ひこばえの剪定において最も重要な鉄則は、「見つけ次第、できるだけ柔らかく小さいうちに切除する」ことです。ひこばえ剪定の正しい時期は、木が活発に活動を始める春から初夏（5〜7月）と、落葉後の休眠期（12〜2月）が基本となりますが、ひこばえに関しては季節を問わず、発見したその場で切り取ることが主木の負担軽減につながります。
多くの庭主が陥る最大の失敗は、「地表スレスレの高さでハサミを入れてしまうこと」です。地表部分で茎を切断しても、地中に埋まった発生基部（芽の付け根）には無数の潜伏芽が残っています。そこから切り株状に枝分かれし、以前よりもさらに多くのひこばえがホウキ状に噴き出す悪循環に陥ります。
正しいひこばえの切り方と予防策のステップは以下の通りです。
- 株元の土を掘り起こす：移植ゴテや小さなスコップを使い、ひこばえが生え出ている幹や根の分岐点が見えるまで、深さ数センチから十数センチ程度土を優しく取り除きます。
- 基部から完全にえぐり取る：幹や太い根との接続部分に剪定鋏の刃をぴったりと密着させ、突起を残さないよう平らに切り落とします。手で折れるほど若い新芽であれば、外側へ向かって強く引き剥がすように「もぎ取る」ことで、潜伏芽の組織ごと綺麗に除去できます。
- 癒合剤の塗布と埋め戻し：太くなった切り口にはトップジンMペーストなどの癒合殺虫剤を塗り、雑菌の侵入やカルス（癒傷組織）からの再萌芽を防いだ上で土を埋め戻します。
- マルチングと日照遮断：バークチップや腐葉土を根元に厚さ5〜10cmほど敷き詰めることで、地際の休眠芽に日光が届くのを遮り、物理的に萌芽を抑制します。
なお、園芸愛好家の間では「挿し木での増やし方」としてひこばえを活用する手法も知られています。ひこばえは細胞分裂が活発で発根能力が極めて高いため、自根樹（実生苗や挿し木苗で育てられた樹木）であれば、初夏に充実したひこばえを10〜15cmほどカットして清潔な赤玉土に挿すことで、親木と全く同じ遺伝子を持つクローン苗を容易に増殖できます。ただし、前述の通り「接ぎ木苗の台木から出たひこばえ」を挿し木しても、親木の美しい花や美味しい果実は実らず、台木として使われていた野生種（トゲだらけのカラタチや野バラ等）が増えるだけであるため注意が必要です。
