エントランスを抜けて真っ先に視界へ飛び込んでくるのが「京の川」エリアです。ここで来館者を迎えるのが、京都水族館のシンボルとも言えるオオサンショウウオ。幾重にも重なり合って微動だにしない姿や、時折水面に顔を出して息継ぎをする愛らしい瞬間など、生態を間近で観察できるのが大きな見どころとなっています。生息環境を緻密に再現した大型水槽は、京都の自然の豊かさを雄弁に物語っています。
そして、館内屈指の人気を誇るのがクラゲワンダーです。約30種5,000匹ものクラゲが漂う水中世界は圧巻の一言で、360度パノラマ水槽「GURURI（グルリ）」に足を踏み入れると、まるで自身が海中に溶け込んだかのような没入感を味わえます。ネットの口コミやSNSでも「照明のグラデーションと浮遊感に癒やされる」「時間を忘れて見入ってしまう」と絶賛の声が絶えません。
さらに見逃せないのが、毎年のように更新されてネット上で大バズりを巻き起こす「京都水族館のペンギン相関図」です。飼育スタッフの綿密な観察記録をもとに、ケープペンギンたちの複雑な恋愛模様や友情、人間関係ならぬペンギン関係をユーモアたっぷりに可視化しており、展示パネルの前には常に人だかりができています。
