本作はテレビ朝日系列で1999年から2000年にかけて全44話でテレビアニメ化されましたが、原作コミックスとアニメ版ではストーリー展開と結末が大きく異なります。最も顕著な相違点は、物語のトーンとフィンの扱いにあります。
原作漫画が神と悪魔のシビアな宗教的対立、登場人物たちの重いトラウマや生々しい愛憎劇を克明に描いたダークファンタジーであったのに対し、東映アニメーション制作のアニメ版は日曜朝の女児向けアニメ枠という放送事情を考慮し、全体的に明るい怪盗アクション＆ラブコメディ路線へとシフトしました。
特にフィンの裏切りパートはアニメ版において大幅に緩和されており、悪魔に操られて一時的に敵対するものの、まろんの呼びかけによって比較的早期に正気を取り戻します。原作のような凄惨な死や転生エンドは描かれず、怪盗シンドバッドの正体が稚空であることをまろんが知り、互いの気持ちを確かめ合って日常へと戻っていく爽やかなオリジナル最終回で幕を閉じました。
