『赤い糸』を語る上で欠かせないのが、2008年にリリースされた新垣結衣によるカバーバージョンの存在です。コブクロのオリジナル版と新垣結衣版は、同じ歌詞とメロディを持ちながら、受ける印象が鮮やかに異なります。
コブクロ版が男性特有の不器用さや後悔を力強いエモーションと重厚なハーモニーでぶつける「情熱的な独白」であるのに対し、新垣結衣版は透き通るようなウィスパーボイスとアコースティック主体のシンプルなアレンジにより、「ひっそりと日記をめくるような切ないモノローグ」へと変化しています。
女性が歌うことによって、歌詞の中の「僕」の言葉が、相手への健気な想いや過去への慈しみとして再構築され、原曲とはまた異なる繊細な情緒が引き出されました。このカバーの成功によって、楽曲は新たな世代や女性層へも広く浸透することとなりました。