天草市立本渡中学校は、旧本渡市の中心部に位置し、天草エリアの教育拠点として発展を続けてきた伝統校です。天草市立本渡中学校の歴史を紐解くと、昭和の学制改革期に創立されて以来、数多くの卒業生を各界へ送り出してきました。地域のシンボルである十万山や有明海を臨む豊かな風土は、同校の教育精神の根底に根付いており、式典や節目で歌い継がれる天草市立本渡中学校の校歌にもその誇り高い精神が色濃く反映されています。
天草市内の少子化傾向が報じられる中でも、天草市立本渡中学校の生徒数は学年あたり複数クラスを安定して維持しており、市内中学校の中で最も大きな集団規模を有しています。この規模の大きさは、生徒同士が多様な個性に触れ、協調性や切磋琢磨する向上心を養う上で大きなメリットとして機能しています。一方で、一人ひとりの習熟度に合わせたきめ細かな個別指導を実現するため、複数教員によるティームティーチングや習熟度別授業の導入など、指導体制の充実が図られています。