多くの来館者が驚く点の一つが、入館料が無料であるという事実です。目黒寄生虫館は国や自治体の運営ではなく、民間の独立した公益財団法人によって維持管理されています。創設者である亀谷了博士の「誰でも自由に立ち寄り、寄生虫の正しい知識に触れてほしい」という理念が現在も受け継がれているためです。
入館にあたって原則として個人来館の事前予約は不要です。休館日である月曜日と火曜日（祝日の場合は開館し直後の平日が休館）を除き、10:00〜17:00の間であれば自由に館内を鑑賞できます。
ただし、公的な補助金に依存しない独立採算型の運営体制をとっているため、施設の維持管理や研究活動の継続は来館者からの任意寄付やクラウドファンディング、ミュージアムグッズの収益によって支えられています。館内設置の募金箱や公式ウェブサイト経由のオンライン寄付システムには、国内外のファンから温かい支援が集まっています。
