航空便の運行乱れには、外見上の現象だけでなく航空会社の機材運用体制に起因する構造的な要因が存在します。スカイマーク運行状況において欠航や大幅な遅延が発生する主な理由は、大きく分けて「気象条件（不可抗力）」と「機材繰り・整備（会社都合）」の2つです。
まず気象要因としては、夏季から秋季にかけてのスカイマーク台風影響による強風・豪雨、冬季における新千歳空港スカイマーク雪の影響に伴う滑走路除雪（デアイシング作業含む）や視程障害が代表格です。航空機は国土交通省が定める気象限界値（風速・視程・雲底高度など）を1項目でも下回ると離着陸が法的に禁止されるため、安全最優先の判断として欠航や条件付き運航（引き返し・他空港へのダイバート）が決定されます。
一方、利用者が疑問を抱きやすいのが「晴れているのに欠航・遅延する」というケースです。この背景には、同社が推進するボーイング737-800型機および導入が進む新型機（737 MAXシリーズ）の効率的機材ローテーションが関係しています。大手2社（ANA・JAL）と比較して予備機の機数が限られているため、朝一番の羽田発便が羽田空港の混雑等で30分遅延すると、その機体が次に飛ぶ福岡、那覇、札幌と玉突き式に遅れが拡大する「機材繰り（ネットワーク遅延）」が発生します。これがスカイマーク欠航理由として頻出するメカニズムです。
