本作が数あるアニメーション作品の中で際立って「怖い」と評される最大の要因は、戦争の悲惨さを美談に昇華させず、人間の肉体と精神が破壊されていく過程を冷徹なリアリズムで描き切っている点にあります。ネット上でも特に言及が多い決定的なトラウマシーンを紐解きます。
1. 全身包帯に包まれた母親と蛆虫の這うグロテスク描写
神戸大空襲によって重度の火傷を負った清太と節子の母親。国民学校の臨時救護所で清太が再会した母親は、頭部から足先まで血の滲んだ包帯で何重にも巻かれ、皮膚は炭化して黒焦げの状態でした。映画館やテレビ画面越しに強烈な吐き気と恐怖を植え付けたのが、包帯の隙間から無数の蛆虫（うじむし）が這い出しているカットです。
当時の医療水準や空襲直後の混乱を考慮すれば極めて正確な描写ですが、アニメ作品において傷口の壊死と腐敗をここまで精緻に描き出した例は他に類を見ません。救護所の医師が無造作にピンセットで蛆虫をつまみ出す処置の無機質さが、命の尊厳が失われた戦時下の異常さを際立たせています。
2. 遺体安置所のハエと筵（むしろ）に巻かれた母親の火葬
息を引き取った母親が運ばれた先は、体育館の床一面に無数の遺体が筵（むしろ）を被せられて並ぶ地獄絵図でした。遺体の周りを飛び交う無数のハエの羽音、そして屋外の穴で他の死者とともに無造作に薪で焼かれていく光景は、死が日常茶飯事となった現場の冷酷さを突きつけます。遺骨を拾う清太の震える手と、遺灰の入った箱を胸に抱える姿は、幼い少年に課された過酷な現実を容赦なく描写しています。
3. 泥団子を口にする節子の衰弱と清太の精神崩壊
横穴壕での自給自足生活が破綻し、極度の栄養失調に陥った節子の変貌は見るに堪えません。皮膚には汗疹（あせも）や疥癬が広がり、髪は抜け落ち、生気を失った瞳で泥をこねて「これ、おはじきやない、ドロップや」「ごはんできたよ」と口に運ぶ姿は、幼児の無邪気さと死の影が交錯する最も胸を締め付けられる場面です。清太が必死でスイカを食べさせるものの、すでに手遅れであり、静かに冷たくなっていく節子の亡骸を一人きりで火葬するシークエンスは、観客の精神を深く削り取ります。
4. 冒頭の三宮駅での清太の衰弱死と「幽霊」の視線
物語の冒頭、「昭和20年9月21日夜、僕は死んだ」というモノローグとともに、駅の柱にもたれかかって息絶える清太。行き交う人々は飢えた浮浪児を見殺しにし、駅員は清太のポケットから出てきたサクマドロップスの缶を闇夜の草むらへ投げ捨てます。缶からこぼれ落ちた小さな骨の欠片と、そこから立ち上る蛍の光、そして赤く染まった空間から自らの死体を見つめる清太と節子の霊魂。物語全体が「すでに死んでいる兄妹の成仏できない追体験」という構造自体が、底知れぬ恐怖を孕んでいます。
